Desde 2009 el IFAPA Agua del Pino lidera un proyecto denominado Establecimiento de una red de cooperación transfronteriza para la utilización de sistemas de producción ecológicamente sostenibles en acuicultura (ECOAQUA). Además de este centro, en el proyecto participan el Centro de Ciencias del Mar de la Universidad de Algarve, y el Instituto de investigación de la Pesca y del Mar.
Tanto la comisaria como la consejera de Agricultura han coincidido en la importancia de diferenciar claramente la flota artesanal de la industrial y dotarla de un mayor apoyo económico.